Peipsi Eutrofeerumine käsitleb Euroopa suurima piiriülese järve kõige kriitilisemat vee kvaliteedi probleemi – liigsete toitainete sattumist järve, mis põhjustab kontrollimatu vetikate vohamist ja ökosüsteemi degradatsiooni. Peamised reostusallikad on põllumajanduse lämmastiku- ja fosforipõhised väetised, kalakasvatusrajatiste liigne sööt ja kalade väljaheited, ebapiisav heitveepuhastus ning järve põhjasetetest vabanev fosfor.
Tagajärjed on tõsised: vetikate ja eriti mürgiste sinivetikate massiline vohamine, vee läbipaistvuse drastiline vähenemine, hapniku ammendamine sügavakihtides, kalasuremused ning ökosüsteemi tasakaalu häirimine. Eesti EL-liikmesus kohustab täitma Veepoliitika Raamdirektiivi nõudeid, mis seab sihiks hea ökoloogilise seisundi saavutamise. Peipsi kui piiriülene veekogu nõuab Eesti-Vene koostööd, sest järve seisund sõltub kogu valgala haldamisest. EL rahastamine toetab reovee puhastuse parandamist, põllumajanduse keskkonnasõbralikumaks muutmist ning kalakasvatuse reguleerimist.
Erinevalt kliimamuutustest on eutrofeerumist võimalik pöörduda – vähendades toitainete sissetulekut järve, saab vetikate vohamist kontrollida ja vee kvaliteeti taastada. Teaduslik seire, regulatsioonid kalakasvatusele ning põllumajanduse parimad praktikad võivad tuua nähtavaid tulemusi juba aastakümne jooksul.